Setelah berakhirnya kerja sama dengan IMF, Megawati menerbitkan Instruksi Presiden (Inpres) Nomor 5 Tahun 2003 tentang Kebijakan Ekonomi Pasca Kerjasama dengan IMF untuk menjaga stabilitas ekonomi nasional.

Pembayaran terakhir utang Indonesia ke IMF dilakukan pada Oktober 2006 saat pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Selama 2001-2006, Indonesia berhasil melunasi utang pokok senilai US$11,1 miliar, dengan pembayaran terakhir pada 12 Oktober 2006.

Total pembayaran utang Indonesia termasuk pokok dan bunga mencapai 13,21 miliar SDR dari tahun 1998 hingga 2006.